Mikrobiologische Kriterien sind in mehreren Kapiteln des Ph.Eur. enthalten. Kapitel 5.1.4 enthält die Akzeptanzkriterien für nicht sterile Darreichungsformen (Tabelle 1) sowie für Rohstoffe zu deren Herstellung (Tabelle 2). Kapitel 5.1.8 enthält die Akzeptanzkriterien für pflanzliche Arzneimittel zum Einnehmen

Des Weiteren enthalten viele Monographien einzelner Stoffe individuelle Akzeptanzkriterien für die mikrobiologische Qualität.