Fipronil ist ein Biozid und wirkt als stark giftiges Insektizid gegen Flöhe, Milben, Läuse und Schaben. Es findet als Kontaktgift v.a. im Heimtierbereich Anwendung und dient zur Vorbeugung und Behandlung eines Befalls mit Parasiten.

Fipronil ist in Lebensmitteln nicht zugelassen. Es darf somit in der Landwirtschaft weder als Pflanzenschutzmittel noch als Tierarzneimittel eingesetzt werden (Ausnahmegenehmigungen existieren z. B. zur Bekämpfung von Drahtwürmern in Kartoffeln).

Mit Fipronil belastete Erzeugnisse, unabhängig von der Höhe der Belastung, sind als nicht verkehrsfähig zu beurteilen und müssen vom Markt genommen werden. Laut einer Stellungnahme des BfR (Bundesinstitut für Risikobewertung) ist bei Gehalten größer 0,72 mg/kg Lebensmittel sogar ein potentielles gesundheitliches Risiko nicht ausgeschlossen.