Sie werden in der Regel während dem laufenden Betrieb in Produktnähe durchgeführt. Standardmäßig wird die Luft auf aerobe mesophile Keimzahl (Gesamtkeimzahl) und evtl. zusätzlich auf  Hefen/Schimmelpilze untersucht. Im Lebensmittelbereich gibt es dafür keine gesetzlichen Richt- und Grenzwerte. Regelmäßige Messungen ermöglichen es jedoch Veränderungen festzustellen und Trendanalysen zu erstellen.